Architecture informatique

Architecture

Avant propos

L’objet de cet article est de décrire les choix effectués au niveau informatique pour assurer un fonctionnement fiable de la plateforme., notamment du flux des données et de leur sauvegarde. Les choix sont basés sur le fonctionnement établi par les massistes et sur des critères de simplicité. Aucun LIMS n’est mis en place, seuls des outils légers et des règles simples.

Fonctionnement

Sur la plateforme au CIML, les postes sont reliés au réseau ; ils peuvent donc communiquer entre eux et avec les serveurs.

Sur le Maldi-Tof, les spectres sont enregistrés directement sur le poste d’acquisition, dans un répertoire partagé sur le réseau. Les spectres sont ainsi disponibles sur les autres postes pour le retraitement et l’analyse. Chaque spectre est enregistré dans un dossier. Chaque spot de la plaque est enregistré dans ???????

Le logiciel FlexAnalysis écrit des fichiers dans le dossier du spectre lui-même. L’analyse est donc lié implicitement au spectre, mais la séparation entre acquisition et analyse n’existe donc pas : tous les fichiers sont au même endroit.

Lors de la première étape de recalibration du spectre, les fichiers sont enregsitrés dans ?????. Lors de l’étape de recherche dans les bases de données, les résultats Mascot sont enregistrés dans ????.

Sauvegarde

C’est effectivement l’un des enjeux important : ne pas perdre de données en cas de panne (défaillance d’un disque dur, plantage de Windows).

Critères de choix

Derrière le mot sauvegarde (BackUp en anglais) se cache différents outils gratuits disponibles sous Windows. Car cette notion peut être vue sous deux angles principalement : la copie intégrale périodique ou une copie intégrale périodique complétée par des copies différentielles. Le premier cas est en fait une synchronisation ou un miroir, le second cas est la véritable notion de sauvegarde permettant l’accès à différentes versions d’un même fichier.

Les autres critères du choix d’un logiciel sont :
- accéder aux fichiers sauvegardés sans le logiciel (format non propriétaire)
- planifier la sauvegarde
- générer un rapport de sauvegarde
- informer par mail du déroulement de la sauvegarde

Outils

Des logiciels gratuits sont disponibles pour Windows. Il s’agit le plus souvent de version allégée de logiciels commerciaux, tous de bonne facture lorsqu’ils sont évalués très positivement par plusieurs sites informatiques les répertoriant.

Pour aller plus loin

Un LIMS, tel ePims, est un outil intéressant. Ce dernier développé sur la plateforme de Grenoble (CEA) est disponible librement. Il permet une copie des fichiers des postes d’acquisition sur un serveur de fichiers sécurisé (NAS, SAN, RAID...). Au passage les fichiers sont analysés et indexés dans une base de données et rattachés aux expériences décrites. Les fichiers peuvent aussi être déplacés dans un dossier en vue de leur sauvegarde définitive sur bande ou DVD. La société ASA propose les services autour : un audit pré-installation, installation logicielle (et éventuellement matérielle), adaptation, maintenance.