Liens pour la bioinformatique

Mise en garde

Cette page est en perpétuelle évolution grâce aux remarques des lecteurs. N’hésitez pas à nous transmettre vos suggestions.

Analyse de gels
- Le grand classique des publications est bien entendu le logiciel Decyder développé par GE HealthCare.
- Deux alternatives très pertinentes ont une interface utilisateur plus intuitive :
— Delta2D de Decodon,
— SameSpot de nonlinear dynamics.

Les différences du point de vue numérique sont certainement minimes (en cours d’évaluation) ; donc avant d’acheter, testez !

Spectres

mMass est un outil libre d’analyse de spectres aux fonctionnalités riches et à l’interface agréable. Il peut à l’occasion remplacer FlexAnalysis.

Protéines

Si vous souhaitez convertir des numéros d’accession entre différentes bases de données, les liens suivants peuvent vous aider :
- Uniprot Database Mapping
- EBI Protein Identifier Cross-Reference
- PIR Batch retrieval (à noter l’option ’any unique id’ à la fin du menu)
- EBI UniParc Power search permet garde la trace de toute séquence introduite dans UniProtKB (SwissProt+TrEMBL), même retirée.
- EBI dbfetch
- UniProt Texte search
- iProClass Id mapping

Si vous souhaitez analyser des protéines, les liens suivants peuvent vous aider :
- Harvester crawls and crosslinks bioinformatic sites (existe pour les séquences aussi).
- DAVID 2007 Functional Annotation Bioinformatics Microarray Analysis
- PIR iProClass
- EBI Toolbox
- PIR/UniProt Tools

Id2Protein se propose de rechercher la fiche UniProt pour chaque protéine identifiée en masse, par exemple en sortie de Mascot. L’intérêt est de bénéficier d’une annotation riche, quelle soit manuelle (SwissProt) ou automatique (TrEMBL). Cet outil est en cours de développement avec BioPerl. L’algorithme schématique est disponible. Contactez-nous...