Bioinformatique

Présentation

L’activité bioinformatique, au sens général, a pour objectifs de simplifier le travail du personnel de la plate-forme et d’apporter des moyens rapides à l’expérimentateur pour analyser et interpréter ses expériences. De ce fait, les travaux portent en parallèle sur différents points des différentes technologies. Ces points sont développés dans cet article.

Responsable

Samuel Granjeaud Contact CV

Identification de protéine

Le logiciel MASCOT est installé sur une station de travail de moyenne capacité. Le serveur dispose des banques de données courantes, UniProtKB, NCBInr. Un seul serveur est désormais en place ; il est utilisé par les 2 sites de Luminy et de l’IPC grâce au haut débit que permettent les liaisons internet sur Marseille. Reste que l’expertise que le massiste apporte en validant l’identification d’une protéine par son spectre est une tâche indispensable et longue, notamment l’étape qui consiste à rendre un rapport au biologiste. C’est avec l’objectif de simplifier cette dernière étape et de tendre vers un "zéro papier" que nous évaluons différentes solutions développées par des centres français : myPROMS, IRMA, OVNIp...

Analyse DIGE

L’électrophorèse 2D quantitative est un développement technologique somme toute récent. Les premières expériences sur la plate-forme ont montré l’intérêt de réaliser des outils libres d’aide à la visualisation des gels, l’analyse de l’intensité des spots, la validation des spots, et l’interprétation des protéines identifiées. Certains de ces outils ont atteint une certaine maturité et ont été présentés à JOBIM 2007 (congrés bioinformatique) et à SMAP 2007 (congrés protéomique) : télécharger le poster ou la présentation courte.

Equipements

  • Station de calcul pour MASCOT : MASCOT