Identification de protéines dans un mélange complexe (LC-MSMS)

Présentation

La LC-MSMS est particulièrement bien adaptée pour l’identification de protéines présentes dans un mélange complexes et la mise en évidence de modifications post-traductionnelles.

Responsables

Stephane Audebert

Luc Camoin

Principe

Un système LC-MSMS est constitué de deux composants : - un appareil de chromatographie liquide - un spectromètre de masse

La préparation de l’echantillon à identifier est identique à celle utilisée pour une identification MS : les protéines sont dans un premier temps digérées par un enzyme.

Le mélange peptidique est ensuite injecté au niveau de la LC, puis séparé par chromatographie sur une colonne apolaire, type C18. Au cours de leur élution, les peptides sont transmis vers la source du spectromètre de masse (ESI ou nanoESI), où ils sont ionisés. Il s’en suit ensuite des cycles constitués de : transmissions des ions vers la trappe, piégeage des ions, expulsion des ions et analyse des masses... Les ions sont libérés par un balayage de radioféquences et détectés par l’appareil. La radiofréquence appliquée étant proportionnelle au rapport m/z, l’appareil mesure la masse des ions. Il s’agit de l’analyse MS simple. Dans la pratique, l’appareil identifie les 3 ou 4 ions les plus intenses, sélectionne l’un des ions, isole cet ion parent dans la trappe, lui transmets une radiofréquence telle que l’ion se fragmente partiellement, expulse les ions fils avec un balayage de radiofréquence. La fragmentation étant partielle et caractéristique d’un type d’analyseur donné, la mesure des masses permet d’accéder à la séquence en acides aminés de l’ions parent. L’appareil isole le second ion parent ... Lorsque les 4 ions sont analysés, l’appareil recommence un cycle complet de MS simple........... La rapidité des analyseurs permet l’analyse en continu des peptides en sortie de chromatographie. Dépendemment de cette rapidité et de la génération du spectromètre de masse, la quantité d’informations et en particulier le nombre de peptides analysés peut varier.

Protocoles

Les protocoles utilisés sont accessibles dans la rubrique "ressources" de la page d’accueil"

Equipements

Orbitrap

Q Exactive