Activité 2007-

Bilan 2007-

Contrats de Recherche

- IBiSA funding 2008-2011. PI : JP Borg, D. Lafitte, B. Montero, P. Bourgis
- EUCAAD, 2007-2010, European Consortium for Anticancer Antibody Development, porté par L. Holmgren, Institut Karolinska, Suède, FP7 Europe
- PHRC : 2007–2010 : Proteomics approach to the prediction of the response to Cetuximab-based therapy for metastatic colorectal cancers (Procetux) PI : A Goncalves
- INCa : 2008-2009 : Preclinical validation of novel biomarkers and Targets implicated in tumour cell architecture for innovative cancer treatments. PI : JP. Borg
- AAP Plateformes INCa 2007, 2008-2009,, Réseaux PDZ et cancer, porté par J. Reboul, CRCM
- OVCAD Ovarian Cancer - Diagnosing a Silent Killer, 2006-2008, R. Zeillinger, FP6, Europe

Projets Internes

CIML
- P Naquet, V Millet : "Caractérisation du redoxome du globule rouge"
- M Bebien :"Identification of immuno-suppressive factors in cancer cell lines"
- P Golstein, MF Luciani : "Caractérisation du phosphoprotéome de Dictyostelium discoideum"
- JC Andrau, V Rongère : "Regulome project : Transcriptional network in T cell development"
- JP.Gorvel, E.Fugier : « Cartographie protéique de la niche de réplication de Brucella Abortus »
- HT.He, Y.Hamon : « Cartographie protéique comparative des micro-domaines lipidiques membranaires au cours de l’activation lymphocytaire T »
- J.Ewbank, C.Couillault : « Etude protéomique en 2D DIGE des mécanismes innés de défense antifongique du modèle animal Caenorhabditis elegans »

CRCM

- Identification de Biomarqueurs en Cancérologie, Plusieurs projets en cours (A. Gonçalves, JP Borg)
- Recherche de protéines associées aux mécanismes de polarité planaire, (JP Borg et al)
- Etude des interactions kinases - PDZ, (S. Audebert et JP Borg)
- Etude des voies de signalisation associées au récepteur Tyrosine-kinase Kit, identification des protéines et analyses des phosphorylations, (Collaboration P. Sepulveda, S. Lopez, A. Chaix)
- Recherche de protéines Associés au facteur de transcription SP1, rôle des phosphorylations, (Collaboration B. Kahn-Perlès)
- Identification de complexes associés aux facteurs de transcription (J. Imbert, F. Rosa)
- Identification de protéines associées aux facteurs de Co-stimulation PDL2 et BTLA3, (Collaboration D. Olive, N. Messal, F. Zambrano)
- Recherche de complexes associés à la protéine Mémo ; implication dans la migration cellulaire, (Collaboration A. Badache. S. Aresta, B. Duthey).
- Identification de protéines associées aux protéines de jonctions cellulaires JAM (Collaboration M. Aurrand-Lions, CMU, Department of Pathology and Immunology, Geneve, Suisse)
- Inhibiteurs des HDAC, spécificité des interactions (collaboration Y. Collette, C. Salmi)
- Identification et caractérisation des src kinase, FYNT et FYNB, par spectrométrie de masse. (Collaboration Yves Collette, C. Brignatz)

Projets Externes en collaboration

CIML

Régionaux
- A.Comte, J.Lorquin, G Erauso : "Etude des profils protéiques de l’archée Sulfolobus solfataricus", UMR-IRD 180, Marseille et société Kemesys.
- N.Pradel : "Comparaison des profils protéiques de bactéries extrêmophiles en fonction de leur résistance à la pression hydrostatique", UMR-IRD 180, Marseille
- C.Abergel et S.Jeudy : "Comparaison des profils d’expression protéique de cellules amibiennes après infection virale et traitement", CNRS UPR2589 IGS, Marseille
- F.Springer : "Etude par spectrométrie de masse de protéines de lait retenues après ultrafiltration sur membrane de céramique", LPPE UMR6181, europôle de l’arbois, Aix en Provence
- M.Gilabert : "Analyse protéomique de cellules souches cancéreuses mammaires par 2D-DiGE" IPC, Marseille
- D.Raoult et N.Pelletier : « Comparaison de souches virulentes et avirulentes de Rickettsia prowazekii par approche DiGE », CNRS UMR 6020, Marseille

Nationaux
- C.Corne, J.Plumas, A.Favier : "Analyse protéomique de lymphocytes T après traitement « PCE »" Projet CHU/EFS ; Laboratoire des Maladies Héréditaires du Métabolisme, CHU Grenoble ; EFS Rhône-Alpes, La Tronche.
- V.Asnafi et E.Macintyre : « Proto-oncogènes HOX11 et HOX11L2 : Mécanisme d’action dans la transformation leucémique aigüe lymphoblastique T (LAL-T) » Laboratoire d’hématologie, Hôpital Necker Paris

Internationaux

CRCM

Régionaux

- Identification de protéines et d’enzymes clefs du cycle de Clavin pour le développement adaptatif de diatomées en milieu carencé. (B Meunier-Gontero, M.Mekhalfi-IMM, Marseille)
- Etude de la fonction biologique de protéases Rhomboïdes de Bacillus subtilis. (T.Doan, B.Cordier-LCB, Marseille)
- Recherche de protéines régulatrices de l’expression des gènes (drosophyle). (Collaboration B. Prud’homme, L. Gompel, IBDML, Marseille)
- Recherche et identification de nouveaux complexes protéiques de la polarité épithéliale. (Collaboration A. Lebivic et D. Massey, IBDML, Marseille)

Nationaux
- Identification de protéines impliquées dans la résistance à l’anakois. (Collaboration J Breard, Inserm, Chatenay Malabry)

Internationaux
- Identification de protéines impliquées dans l’angiogénèse (Collaboration L. Holmgren, M. Ernswick, Department of Oncology, Karolinska Institute, Stockhom, Sweden)

Formation, animation scientifique et technologique

Encadrement d’étudiants

Année Etudiants Niveau Responsable Sujet
2010-2014 J Peltier Thèse CIFFRE L. Camoin Biomarkers in Colorectal Cancer
2012 S Milhas Master Pro EGPR, Toulouse S Audebert identification de ligand proteique
2011-2012 I BenYounes Lic Pro ENCPB L. Camoin Biomarkers in Breast Cancer
2011 A. Loiseau Master Pro EGPR, Toulouse S. Audebert caractérisation d’outils immunologiques
2010-2011 A Omer Lic Pro ENCPB L. Camoin Progenesis LC-MS evaluation
2010 A. Aulas Master Pro EGPR, Toulouse S. Audebert Production, caractérisation par MS d’un recepteur soluble
2010 N Pelletier AFPA M.Pophillat Caractérisation de sous populations mitochondriales par FFE
2007 A. Do Minh 2e ESIL M. Pophillat Etude de complexes protéiques par 2DE-DiGE
2008 M. Diouf Master 2 MINT S. Granjeaud Outils statistiques pour l’analyse Dige
2007 M. Hainaut, F. Labiste Master 1 S. Granjeaud Outils contrôle qualité pour Dige

Formations suivies

2014 Juin - Emilie, Mathilde, Julien, Jean-Baptiste, Luc, Patrick, Stéphane et Matthieu ont participé à l’Atelier chercheur 2014, Biomarqueurs. Le lazaret, Sète.

2012 Novembre - Samuel a assisté à l’Atelier Prospectom de Grenoble.

2012 Novembre - Emilie a suivie la formation INSERM "Introduction aux outils de la protéomique".

2012 Juin - Emilie,Luc, Stéphane et Matthieu ont participé à l’Ecole chercheur Interactomique : apports de la spectrométrie de masse et des approches protéomiques

2010 Mars - Matthieu a suivi la formation "Planifier et organiser son système de management de la qualité selon iso 9001 " organisée par le Réseau INSERM Qualité.

2009 Juin - Patrick, Stéphane et Emilie ont assisté à la formation de "Publier et échanger les résultats des analyses protéomiques".

2009 Juin - Patrick, Stéphane, Samuel, Matthieu et Emilie ont assisté à la Journée Bioinformatique et Protéomique, espace Minatec centre CEA, Grenoble

2008 Déc - Samuel a suivi l’atelier "Proteomics Bioinformatics" à l’EBI (Hinxton) : l’annonce, le programme.

2008 Oct - Stéphane a assisté à la formation "Spectrométrie de masse à Transformée de Fourrier", école du CNRS, Ambleteuse.

2008 - Stéphane a suivi deux Formations à la norme ISO9001 (Initiation et Perfectionnement), dispensées par l’INSERM, Paris.

2008 - Formation suivie par Matthieu : "Organisation et Management Qualité en recherche" co-organisée à l’époque par la cellule qualité de l’INSERM et le CNAM.

2007 Juin - Patrick, Stéphane, Matthieu et Samuel ont assisté à la formation de "Protéomique Quantitative".

Animation scientifique et technologique

2015 Juin, ProtéoPaCA. la plate forme a organisé la 7ème Rencontre des plates-formes protéomiques de la région Provence Alpes Côte d’Azur.

2015 Juin, Luc a co-organisé la formation "Etude de l’Interactome : approches théoriques en biochimie et biophysique.". Marseille.

2015 avril, participation des membres du plateau à la Journée BRUKER PROTEOMIQUE ET METABOLOMIQUE.

2014 Octobre, Atelier 2D-DiGE organisé par Matthieu.

2014 Juin, Luc a co-organisé l’Atelier chercheur 2014 "Biomarqueurs"

2013 Décembre, formation inter-régions INSERM Introduction aux outils de la protéomique

2013 Septembre, formation inter-régions INSERM ETUDE DE L’INTERACTOME : Approches théoriques en biochimie et biophysique

2013 Juin, ProtéoPACA 2013. 6ème journée de rencontre du réseau des plateformes de la région, campus CNRS Joseph Aiguier, Marseille.

2012 Juillet, ProtéoPACA 2012. 5ème journée de rencontre du réseau des plateformes de la région, Technopôle de Sophia Antipolis, Nice.

2012 Juin, du 11 au 14 , Ecole chercheur Interactomique : apports de la spectrométrie de masse et des approches protéomiques, La Grande Motte.

2012 Janvier, Atelier 2D-DiGE, co-organisé par l’IMTSSA et le CIML, en partenariat avec GE Healthcare.

2011 Novembre, formation inter-régions INSERM Introduction aux outils de la protéomique.

2011 Juillet, ProtéoPACA 2011 sur le site du CRO2, Marseille.

2010 Décembre, Atelier 2D-DiGE

2010 Septembre, Rencontre des utilisateurs DiGE, 2nde édition, co-organisé par l’IMTSSA et le CIML, en partenariat avec GE Healthcare.

2010 Septembre, Congrès SFEAP 2010 : congrès annuel de la Société Française d’Electrophorèse et d’Analyse Protéomique ; Parc Chanot, Marseille. La plateforme a participé à la mise en œuvre du congrès.

2010 Janvier , Atelier 2D-DiGE

2009 Novembre - Séminaire Analyse Protéomique en Fluorescence : Electrophorèse 2-D DIGE, IFR150/I2MR Toulouse

2009 Novembre - Séminaire Electrophorèse Haute Performance, CAPM Nord-Marseille

2009 Octobre - Atelier BIP : "Protéomique différentielle et quantitative par approche 2D-DiGE", IMM-Marseille

2009 Juin - Atelier 2D-DiGE

2009 Mai - Atelier "Doctor’s office Electrophorèse" avec la participation de Reiner Westermeier

2009 Février - "Journée des Plates-formes de Recherche en Sciences du vivant" : De la stratégie nationale aux enjeux régionaux. Hôtel de Région, Marseille.

2008 Novembre - "Rencontre des Utilisateurs 2D-DIGE" Institut Cochin, Paris
- Les orateurs ont autorisé la publication de leur exposé

2008 Octobre - Atelier 2D-DiGE

2008 Septembre - La plate-forme de l’IFR a organisé les 3èmes journées de rencontre du réseau des plateformes de protéomique PACA avec pour objectif de donner un temps encore plus important aux échanges et au suivi des nouveautés. Cette rencontre s’est déroulée sur 2 jours autour de 2 axes principaux : Protéomique clinique et recherche de biomarqueurs ; Bioinformatique : gestion des données et analyses.

2008 Mai - Atelier 2D-DiGE

2007 Juin - Atelier 2D-DiGE co-organisé avec L’IMTSSA. Première édition.

2007 Mai - Rencontre du réseau des plateformes protéomique PACA. Seconde édition organisée par l’IPMC - Nice.

2007 Avril - Proteom tour, avec la participation de Reiner Westermeier organisé par GE-Healthcare à l’IPMC - Nice.

Evolution, veille technologique

- Test de la technologie FFE (BD Diagnostic)

  • Déplacement sur site (Munich) pour Carole Couillault et Matthieu avec test de séparation d’extraits protéiques totaux de C.elegans par IEF et électrophorèse zonale.
    - Suite de la mise en place de la technologie DIGE sur la plateforme par Matthieu Pophillat Lire la suite
    - Développements informatiques Lire la suite